سیدحسین پس از 10 سال تحصیل در اصفهان به سفارش پدر به حوزه علمیه نجف رفت و در حالی که فقط 28 سال داشت به درجه اجتهاد رسید. آیت‌‌‏الله بروجردی در نجف فقه و اصول تدریس می کردند. در درس فقه و اصول ایشان بالغ بر دویست نفر از فضلای حوزه علمیه نجف شرکت می‌کردند که در نوع خود بی‌نظیر است.

سال‌ 1350 هجری قمری که با آغاز دوران مرجعیت آیت‌‌‏الله بروجردی مصادف بود تا یک دهه بعد با دوران فشار و اختناق رضاخان همراه بود. آیت‌‌‏الله بروجردی، این دوران را یکی از مصیبت‌بارترین ایام زندگانی خود توصیف می‌کند.

این مرجع عالیقدر و خستگی‌ناپذیر شیعه، پس از هفتاد سال تلاش علمی و فعالیت ‌های اجتماعی و سیاسی صبح روز پنج‌شنبه 13 شوال 1380 هجری قمری برابر با دهم فروردین 1340 شمسی در حالی که 88 بهار از زندگی را پشت سر گذاشته بود، چشم از جهان فرو بست.

در ادامه به ماجرای عجیب تغسیل و تدفین بزرگ‌ترین مرجع تقلید شیعیان جهان اشاره می‌شود.

در کتاب «الگوی زعامت؛ سرگذشت‌های ویژه حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی» از قول آیت‌الله عبدالصاحب مرتضوى لنگرودى آمده است: یکى از آقایان محترم و خیلى مورد اطمینان (که چون احتمال مى‌دهم ایشان راضى نباشد که اسمشان را ببرم، از بردن اسم ایشان خودارى مى‌کنم، صددرصد مورد وثوق و اعتماد است و به قدرى متدین است که مى‌توانم پشت سر ایشان نماز بخوانم) مى‌گفت:

من از مقلدین حضرت آیت‌الله العظمى آقاى بروجردى بودم. وقتى که خبر فوت و ضایعه عظیمه آقا به من رسید، مثل اینکه پدرى را از دست داده باشم خیلى ناراحت شدم، تصمیم گرفتم غسل و تکفین آقا را خودم به عهده بگیرم، لذا وقتى براى مراسم به بیت آقا رسیدم به اشخاص مربوط مراجعه کردم و گفتم: من مى خواهم آقا را غسل بدهم و آقا را تکفین کنم و این توفیق نصیب من شود. آنها نیز قبول کردند.

ایشان گفت: من و یکى از دوستانم وارد حمام خانه آقا شدیم، آقا را خواستیم غسل بدهیم و هنوز آبى نریخته بودم و غسل را شروع نکرده بودیم، دیدم چشم آقا این طرف و آن طرف را نگاه مى‌کند و چشم‌هایش حرکت مى‌کنند.

به خودم گفتم: آیا چشم‌هاى من اشتباه مى‌بیند؟! یا اینکه آقا زنده است؟ و در ضمن گاهى مى‌دیدم که تبسم مى‌کردند و لبخند مى‌زدند، همین طور مات و مبهوت بودم.

خلاصه! پیش خود گفتم حتما من اشتباه مى‌بینم و حتما به چشم من اینچنین مى‌آید به هر حال به رفیقم گفتم: آب بریز! او آب مى‌ریخت و من غسل مى‌دادم . بعد از اینکه غسل آقا تمام شد، آقا را حرکت دادیم و جایى دیگر براى تکفین بردیم باز همین طور مى‌دیدم که چشمهاى آقا اطراف حمام را نگاه مى‌کند و گاهى تبسم مى‌فرمایند. در حالت بهت و حیرت بودم که رفیقم به من گفت: چه شده است؟

گفتم: من چیز عجیبى را مى‌بینم، نمى‌دانم درست است یا نه؟

گفت: چشم‌هاى ایشان و تبسم ایشان را مى گویید؟ گفتم: بله! پس من اشتباه نمى بینم و شما هم همین را مى‌بینید.

ایشان وقتى جریان را براى بنده تعریف مى‌کردند، گفتند: چطور مى‌شود شخصى که روح در بدن ندارد، چشم‌هایش حرکت کند و تبسم نماید؟!

گفتم : آقا! خدا مى‌خواسته به شما نشان بدهد که این عالم ربانى چقدر بزرگوار است و چشم برزخى شما را باز کرده است و آن عالم برزخ ایشان بوده است، نه عالم ظاهر ایشان و شما چشم و لبخند زدن برزخى ایشان را مى‌دیده‌اید، زیرا انسان به مجرد اینکه روح از بدنش خارج مى‌شود، در قالب مثالى مى‌رود و در واقع زنده است.