مشایی در دوران حضور در دولت احمدی‌نژاد دیدگاهها و رفتارهایی داشته است که منجر به بروز انتقاداتی از سوی اصولگرایان شده است. اظهاراتی همچون «دوران اسلام‌گراییبه پایان رسیده‌است. البته این دوره تمام نشده بلکه رو به پایان است.»،^[103] «در ایران استفاده از حجابآزاد است و هیچ فشاری از طرف حکومت در استفاده از حجاباعمال نمی‌شود.»، «جلوگیری از برپایی شادی اهانت به اسلام و استفاده از رنگ سیاه مکروه‌است.»، «آذربایجان غربی، ایلامو کرمانشاهمتعلق به کردستاناست و این قوم از برترین قوم‌های ایرانی است.»، «علی خامنه‌ای و احمد جنتیتا دو سال دیگر نخواهند بود که بتوانند از کاندیدا شدن برای ریاست جمهوریجلوگیری کنند»،^[104] «اگر حجابالزام نداشت، چند درصد خانم‌ها با حجاب بودند؟»،^[105] «ملائکه مرتب در عرصه کشور در حال پرواز هستند.»، «چرا نمی‌توانید سحرم را باطل کنید و احمدی‌نژادرا نجات دهید؟!»، «اهل سکته پکته هم نیستم، ولی باور کنید که به خاطر من بعضی‌ها سکته می‌کنند، بعداً می‌بینیم.»،^[106] «کسی که ریاضیاترا درک نکند، بهشت را نخواهد دید.»،^[107] «موسیقی را نمی‌فهمند و می‌گویند حراماست.»،^[108] «ایران امروز با مردم امریکاو اسرائیل دوست است.»، «20 میلیون از 24 میلیون نفری که به احمدی‌نژادرای دادند منتقد نظام هستند.»،^[109] «شاید رازیو بوعلی سینادر عصر خود قامتی برجسته داشتند، اما قرار نیست افتخار هزار سال بعد آدمیان باشند.»، «"از ذکر چه می‌جویند شاعران، همان را بجویند از ایران" ایران ذکر است و تاریخ ایران آکنده از ایمان است.»، «انسان را که حذف کنیم، خدا خودش حذف می‌شود.»،^[110] «ما مردم امریکارا از برترین ملت‌های دنیا می‌دانیم.» و «نام خلیج فارسو دریای پارسی از 30 میلیون سال پیش به موازات شکل‌گیری تمدن‌های انسانی در منطقه موجودیت یافته‌است.»^[111] و اقداماتی همچون حضور در مجلس رقصی در ترکیه، مراسم حمل قرآنهمراه با نوای دف، ادغام سازمان حج و زیارت با سازمان میراث فرهنگی گوشه‌ای از عملکرد جنجالی مشایی است.^[112] به نظر صاحب نظران سیاسی هیچ فردی به اندازه مشایی در تخریب اهداف اساسی نظام جمهوری اسلامی ایران قدم بر نداشته‌است. همچنین می‌توان گفت که وی جنجالیترین فرد در دوران انقلاب است و سرپیچی‌های او از نظرات اصلی نظام جمهوری اسلامی ایران بیش از بنی صدرمی‌باشد. گفته می‌شود او برای برنامه‌ریزی‌های خود از مشورت مرتاضان هندی سود می‌برد.^[113]