در این زمان امام خمینی با کم‌تر از 40 سال سن از چهره‌های سرشناس و مدرّسان به نام حوزه علمیه قم بود.

این سه شخصیت بزرگ دینی که به فقهای ثلاثه شهرت داشتند، تا سال 1324 که آیت‌الله العظمی بروجردی به واسطه عارضه کسالت، از بروجرد به قصد معالجه به تهران عزیمت کرد و سپس برای ادای نذر خود به قم وارد شد، حوزه علمیه قم را اداره کردند تا اینکه پس از ماندگار شدن آیت‌الله بروجردی در قم، مرجع مطلق جهان تشیع شد و حوزه علمیه رونق فوق‌العاد‌ای یافت [1]

علیرضا متولّی در کتاب «شهاب سبز» چنین می‌نویسد: حاج آقا روح الله با این که خودش فقه و اصول تدریس می‌نمودند و فقیه برجسته‌ای بودند، برای تقویت موقعیت و کلاس‌های آیت‌الله بروجردی، در کلاس‌های ایشان شرکت می‌کردند. آیت‌الله بروجردی هم برای حاج آقا روح‌الله احترام ویژه‌ای قائل بودند و در اکثر مجالس، ایشان را نزد خود جای می‌دادند. [2]

اما با وجود این رابطه صمیمی و پیوند قلبی عمیق، امام خمینی(ره) در تشییع پیکر استادش در روز سیزدهم شوال 1380 هجری قمری (دهم فروردین سال 1340) شرکت نکرد، چرا که آینده‌نگری و هوشمندی ایشان افق‌های پیش رو را می‌دید.

حجت‌الاسلام حاج شیخ محمدرضا توسلی رئیس دفتر حضرت امام(ره) ماجرا را این گونه نقل می‌کند: «بعد از فوت مرحوم آیت‌الله بروجردی درصدد شدیم که در تشییع جنازه آقای بروجردی از امام خمینی رحمة الله تجلیل کنیم و به این طریق در عمل بفهمانیم که عده کثیری از طلاب حوزه علمیه طرف‌دار مرجعیت امام هستند. شاگردان مترصد بودند که امام در تشییع جنازه هر جا باشند، اطراف ایشان را بگیرند و سلام و صلوات راه بیندازند و به این طریق ارادت قلبی خودشان را به ایشان ابراز کنند و ایشان را هم به مردم معرفی کنند. متأسفانه هرچه در تشییع جنازه گشتیم، ایشان را پیدا نکردیم. بعد از چند روز معلوم شد که اصلاً امام به تشییع جنازه نیامده بود! پس از چند روز یکی از آقایان در محضر امام از یکی از دوستان امام شکایت کرد که ایشان به عنوان تجلیل از شما به من توهین کرده است. امام پاسخ فرمود: «من راضی نیستم کسانی که به من علاقه دارند، علاقه‌شان از قلبشان تجاوز کند و آن را ابراز نمایند. هرکسی که به من علاقه دارد، بگذارد در همان محدوده قلبش بماند. کسی برای ریاست من، حتی یک وجب هم قدم برندارد.» بعد این جمله را فرمود: «من که به تشییع جنازه آقای بروجردی رحمةالله نیامدم، برای این نبود که کسالتم آن قدر شدید بود که نمی‌توانستم به تشییع بیایم. نیامدنم برای این بود که دیدم تشییع جنازه تبعاتی دارد، آنجا مسائلی مطرح خواهد شد و من برای خاطر آنکه از آن مسائل دور بمانم و کنار باشم، از تشییع جنازه صرف نظر کردم».

ناگفته نماند که ایشان به آیت الله بروجردی رحمةالله خیلی معتقد بود. در همان روزهای فوت ایشان بود که دیدم در یکی از نوشته‌ها امام از ایشان به عنوان آیت‌الله العظمی نام برده بود و همیشه می‌فرمود: «آقای بروجردی رحمة الله برای عالم اسلام و جامعه مدرسین دیوار بلندی بود که فرو ریخت.» و خیلی به ایشان علاقه‌مند بود. با وجود این، به تشییع جنازه ایشان حاضر نشد که مبادا برای مرجعیت ایشان اقدامی شود»